新中国成立以来，我国的作物遗传育种技术不断发展，累计育成新品种7000余个，实现了5-6次大规模的品种更新换代，良种覆盖率达到96%，良种对作物单产贡献率达43%以上，有效支撑了粮食产量稳步增长。从1991年到2012年，我国水稻的种植面积减少了7.5%，而单产却提高了20.2%，总产提高了11.1%，小麦的情况同样如此。应该说，良种繁育对我国粮食的“十二连增”起到了关键作用。但同时我们也必须看到，从上世纪80年代开始，我国水稻单产开始缓慢增长，进入到了一个平台期。
造成平台期的主要原因有以下几方面。第一，育种机制有待创新。目前我国种业科研还缺乏顶层设计，中央与地方育种单位分工不明确，科研工作重复，种业科技创新环节衔接不紧密。第二，育种技术创新有待加
强。目前，我国的育种技术主要依赖传统技术，效率偏低，育种的预见性差，育种周期长，现代生物育种技术的创新不足。第三，突破性重要基因匮乏。新基因的发掘可以使得育种有突破性进展，近年来尽管科研投入很大，但相对缺乏突破性发现。
目前，我国的品种选育仍然是学院性、科研性的，却不一定是市场需要的。现有品种往往都是注重在高水肥条件下的高产量品种，缺乏资源节约型、优质功能型、抗逆广适、专用型新品种，难以适应农业供给侧结构性改革的要求。
应该看到，国际种业市场的形势已经发生了深刻变化。全球种子市场快速增长，全球化属性凸显。各大跨国种企通过改革、兼并、重组，将全球种业市场带入到寡头竞争的时代。
相比之下，发达国家的种业形成了相对完善的科研组织机制，核心竞争力明显提升。政府投资的基础性和公益性研究，企业则投资种业技术研发和产业化，分工明确。更为重要的是，知识产权明晰，管理体系健全，使得发达国家形成了成熟的现代种业科技创新体系。
在复杂多变的国际环境下，我国种业科技面临着一系列挑战，一方面，我们缺少原创性的种质资源和具有重大育种价值的基因组合，基础研究相对薄弱，分子设计育种技术创新能力不足，现有品种难以满足农业转型发展的要求。另一方面，我国种业还未形成种质资源、遗传育种、品种创制、种子繁育等全产业链科技创新链条。而结合农产品品质、成本、结构等市场竞争力因素的全球市场定价权，又在很大程度上影响了国内的生产能力。因此，加快发展现代育种技术，抢占技术制高点，是增强我国良种科技创新能力的迫切需求。
重大前沿领域的关键性突破，将推动种业进入新一轮技术革命，我们目前处在一个大变革的时代，处在一个常规育种向现代育种转变的时代，生物技术的发展日新月异，推动育种技术的不断进步。种业已实现从基础到应用、从资源到产品、从实验室到田间、从研发到市场的全产业链创新。跨国企业已经成为种业创新的主体，通过运用技术、资本、产业等优势，这些企业在不断强化垄断地位。
今后，政府要进一步支持基础研究，夯实种业基础，围绕产量、品质、抗性，解析重要性状的遗传规律、阐明重要性状形成的分子基础，建立分子育种理论基础与技术体系。同时要保证新基因的大规模发掘，并促进这些新基因通过市场机制进行有偿分享，提高科研人员的积极性。各个企业要进一步推进标记和芯片育种，把分子标记育种全方位推向育种实践，要实现育种的高效化。同时，还必须实现常规育种技术的更新换代，推进表型组学智能化、细胞工程育种、田间测试技术信息化等一些列新技术的应用。最终的目标是加快品种设计研究和实践进程，加强上中下游、产学研紧密结合，开展联合攻关，构建现代种业创新体系。
随着组学和生物技术的迅猛发展，作物育种新技术、新方法不断涌现和完善。下一步，我们要更进一步加强原始创新和集成创新，实现“基因发掘规模化、基因操作高效化、品种设计工程化、生物育种体系化”，培育推动农业供给侧结构性改革的突破性新品种，满足国家重大需求。